De symptomen die je vertoont bij de ziekte van Pfeiffer zijn afhankelijk van de leeftijd waarop je geïnfecteerd raakt. Zo verloopt de ziekte bij jonge kinderen meestal zonder symptomen, terwijl tieners en jongvolwassen veel last krijgen van pfeiffer. Volwassenen vertonen weer minder symptomen bij het krijgen van de ziekte van Pfeiffer.
De ziekte van Pfeiffer veroorzaakt vooral bij jongeren een zware langdurige vermoeidheid. Bij de minste inspanning ben je al hevig vermoeid. Het lijkt veel op griep doordat je last hebt van koorts, keelpijn, hoofdpijn, lusteloosheid en algehele malaise. Bij een gewone keelontsteking is de keelpijn meestal binnen een week over, maar bij de ziekte van Pfeiffer duurt de keelpijn vaak langer. Typisch voor de ziekte van Pfeiffer zijn opgezwollen lymfeklieren in je hals, oksels en liezen.
Vaak hebben mensen met de ziekte van Pfeiffer ook een vergrote milt. Dit veroorzaakt meestal geen symptomen, maar zorgt er wel voor dat de milt makkelijker kan scheuren. Ook hebben sommige mensen met pfeiffer een vergrote lever, wat kan leiden tot geelzucht. Heel soms zorgt de ziekte van Pfeiffer voor huiduitslag die lijkt op rode hond of petechiën (vooral bij jonge kinderen).
Meestal verdwijnen alle symptomen van pfeiffer na twee of drie weken, maar daarna zul je je nog minstens twee weken zwak, futloos en misschien wat terneergeslagen voelen. Bij sommige mensen houdt de vermoeidheid tot wel enkele maanden aan.